Действия игры происходят после возвращения Наруто в деревню Скрытого Листа. Парень долго тренировался у Джирайи, и теперь готов к новым опасным приключениям. Но они ему никак не попадаются. В Конохе абсолютная тишина. Мелкие и несерьёзные миссии. Узумаки никак не может показать всю свою мощь. Правда, изредка у него появляется вопрос, а на самом ли деле всё так тихо и спокойно? Ему это ещё предстоит узнать.
Ну а что же происходит в других странах? Так называемые Акацуки пытались похитить однохвостого демона, но у них ничего не вышло. Но они всё равно не отчаиваются и планируют новый план захвата. Между тем, Гаара стал Казекаге.
В Деревне Скрытого Тумана, всё более менее спокойно. Пятая Мизукаге пытается наладить отношения со всеми странами и это у неё как-то получается.
Враждебные отношения сейчас между Страной Скрытого Облака и Страной Скрытой в Земле. Старики Райкаге и Тсучикаге никак не могут найти общий язык, часто переходят на оскорбления и крики. Но настоящая причина их ссор, это то, что Тсучикаге считает, якобы Райкаге натравил на него клан Курой.